德国研究与创新专家委员会在《德国2012研究、创新和技术能力评估报告》中指出，作为德国三大科研（企业科研、大学科研和校外科研）支柱之一，德国高校在德国国家科研与创新体系中的地位举足轻重。但作为联邦制国家，各州政府在教育管理方面享有充分的自治和自主权。为了强化州政府对高校的管理权限，2006年德国进行联邦制度改革，从此基本禁止联邦政府对由州政府负责的高校建设领域进行经费投入，而只能提供有限期的项目经费资助。在此体制下，联邦与各州、联邦政府主管部门与各州政府内各部门之间职责不清、协调不畅、难成合力、行政成分过高，成为提高高校科研与创新能力的羁绊。在国际上教育竞争越来越体现在体制竞争的今天，德国高等教育体制面临重大挑战。

首先，“公平缺失”。一方面，各州经济水平发展不一，尤其较贫困联邦州因失去了联邦政府原先的经费支持，财政负担加重，对高校科研经费投入捉襟见肘，使各州高校间在教学与科研领域缺失均衡和公平的发展条件。另一方面，与持续受到联邦政府事业经费支持的德国马普学会、弗劳恩霍夫协会、莱布尼兹联合会和亥姆霍兹国家研究中心的等大学外科研机构相比，高校的总体科研条件恶化，处于不公平的发展状态。再一方面，联邦政府为了加强对高校的项目经费支持力度，2007年启动高校“精英计划”。“精英计划”的实施，无疑极大提升了9所入围大学的科研创新能力和国际知名度，但同时也加剧了高校间的等级差异和不公平现象。

其次，国际竞争优势不足。据统计，2009年德国高校的研发经费占GTP的0.49%，远低于荷兰（0.73%）、瑞士（0.72%）、英国（0.52%）,但高于美国(0.35%)。从1995-2009年,德国高校科研经费增长率为2.6%，大大低于英国（4.7%）、美国（4.2%）、荷兰（4.1%）、瑞士（3%）。由于德国高校科研经费投入不足,增长缓慢，影响其科研创新能力，导致其在国际竞争中的相对地位降低。据世界经合组织统计,按出版物的数量和质量,无德国高校属国际排名最有科学影响力的前50所高校之列。

第三,角逐以获取第三方资金为导向的科研项目不利高校基础研究。由于缺少联邦政府强有力的事业经费支持，高校科研经费不足,科研人员日益依赖第三方资金。2005-2009年间，第三方资金占高校研发经费的比例从41.6%上升到46.2%，其中在“高技术战略”项目和“精英计划”项目框架内获取联邦政府和德意志研究联合会的第三方资金分别增长了60%和70%；来自欧盟项目的第三方资金增长了29%。第三方资金虽然有利于拓展高校的研究工作，但申请程序复杂，耗费大量时间和精力，而且申请的项目要经过其他科学家的评估，因此在时间和内容上限制了科研人员学术自由的空间。同时，科研人员课题立项在内容上以角逐第三方资金为目标，而放弃难以获得第三方资金的传统基础研究项目，从而影响了高校科研工作的广度、深度和多样性。无庸置疑，高校科研缺乏国家基础经费的投入而过度依赖第三方资金，长此以往必然危及高校的基础研究，从整体上影响高校学术水平、科研能力和国际竞争能力。